Le décret n° 2012-984 du 10 octobre 2012, créant l’Université Alassane Ouattara (UAO), en détermine les attributions, l’organisation et le fonctionnement. Ce décret encadre ainsi la « gouvernance universitaire » en fixant les modes, les organes et les structures de direction, d’organisation, de gestion et d’exercice du pouvoir à l’Université Alassane Ouattara.

Dans le respect de la réglementation en vigueur dans les universités publiques en Côte d’Ivoire et dans le but d’améliorer ses performances sur les plans de la formation, de la recherche et de sa gestion administrative et financière, l’Université Alassane Ouattara (UAO) est gouvernée par deux (2) organes centraux : le Conseil d’Université (CU) et le Conseil de Gestion (CG), chargés de veiller à la bonne gouvernance dans les domaines de la formation, de la recherche et dans la gestion des biens et des ressources humaines.